Problem jest w tym, że dla sekcji nie ma w żadnej tabeli bazy danych moodla kolumny 'groupid' do wykorzystania tak aby decydować jakie sekcje dla danej grupy miałby być widoczne. Na przykład fora dyskusyjne (poprzez tabelę ...forum_discussions) coś takiego mają i stąd forum dyskusyjne można przestawić w "tryb" niewidoczny między grupami.
Można jedynie kombinować na poziomie php i korzystając z bazy danych moodle'a. Z tabeli ...groups można włuskać listę grup w danym kursie a z tabeli ...groups_members "wyłuskuje" się użytkowników z danej grupy i z tego zrobić dodatkową tabelę która posłuży do rozdzielenia kursu na grupy. Wprowadzając do section course/format/topics/format.php parę dodatkowych instrukcji możnaby na przykład zmajstrować coś takiego, że parzyste sekcje są dla jednej grupy a nieparzysta dla drugiej. Takie coś dałoby się zrobić najszybciej. Tyle tylko, że wyjdzie z tego potworek, którego trzeba będzie w specyficzny sposób obsługiwać. No chyba, że ktoś jest takim fachowcem, że rozpracuje to zagadnienie i zrobi nowy format kursu zawierający taką funkcjonalność wraz z możliwością wyklikiwania który temat jest dla kogo. Moim zdaniem widocznie trudno to zrobić skoro wciąż dostępne są tylko trzy oficjalne formaty kursów: social, topics i weeks.
A nie lepiej zrobić backup kursu i sklonować przez rozpakowanie jako nowy kurs? Jak się nie da to trudno. Wystarczy jakiś mały błąd kombinatora i po moodlu.