если у вас такая большая нагрузка, рассмотрите вариант переезда на postgresql, возможно с ним всё будет по-другому.
изучите, какая часть нагрузки именно из-за mysql. Возможно, что нагрузку на ядра создаёт php, а не mysql.
изучите, какая часть времени процессора приходится на iowait. Возможно, что проблема просто в том, что диск не успевает отдавать данные с нужной скоростью. Обычно это проблема hdd, но с учетом того, сколько у вас ядер, и ssd может не справляться.
У вас хорошо с памятью, но пока не ясно, что с диском. Рассмотрите вариант настройки кэша в редис, может значительно снизить нагрузку на диск
cron.php должен запускаться раз в минуту