"Got an error reading communication packets" (кроме max_allowed_packet) это еще и превышение max_execution_time в php,
превышение connect_timeout (возможно еще и net_read_timeout) в mysql.
увеличил max_execution_time с 30 до 300.
cat /var/log/mysql/error.log
2020-07-28T17:37:27.856226Z 3625 [Note] Aborted connection 3625 to db: 'moodle' user: 'moodledude' host: 'localhost' (Got an error reading communication packets)
2020-07-28T17:37:27.872765Z 3604 [Note] Aborted connection 3604 to db: 'moodle' user: 'moodledude' host: 'localhost' (Got an error reading communication packets)
2020-07-28T17:37:28.095500Z 3481 [Note] Aborted connection 3481 to db: 'moodle' user: 'moodledude' host: 'localhost' (Got an error reading communication packets)
2020-07-28T17:38:59.690634Z 0 [Note] InnoDB: page_cleaner: 1000ms intended loop took 5667ms. The settings might not be optimal. (flushed=5 and evicted=9, during the time.)
2020-07-28T17:39:08.137509Z 0 [Note] InnoDB: page_cleaner: 1000ms intended loop took 6447ms. The settings might not be optimal. (flushed=6 and evicted=4, during the time.)
2020-07-28T17:39:55.737858Z 0 [Note] InnoDB: page_cleaner: 1000ms intended loop took 4105ms. The settings might not be optimal. (flushed=1 and evicted=2, during the time.)
Но плагин установился!!! Перед этим увеличил объем оперативки в виртуалке вдвое (с 2 до 4 гигов), ибо последние два дня при подключении админа к админке во время интенсивных занятий просто вешало мускуль!
Сразу после добавления ОЗУ начал наблюдать нагрузку на систему при попытке установки плагина. Потребление памяти не превышало половины, хотя явно росло первые минут пять. После изменения параметра и перезагрузки апача процедуру повторил. Все как всегда, но на этот раз пока разбирался плагин установился. Так и не понял в чем была причина.
Всем спасибо за советы и еще один вопрос, как правильно вернуть права на каталоги с т.ч. безопасности.