Hola, gracias por tu comentario, efectivamente seguimos todas las recomendaciones habidas y por haber, tanto a nivel de la BD como del PHP y otros servicios, despúes de indagar mas a fondo notamos que habían muchas consultas que quedaban en sleep y hacían referencia a Eventos, nosotros teníamos habilitado el Calendario en la vista del Área personal que es neustra página principal después de iniciar sesión, al deshabilitarla la plataforma se estabilizó totalmente, y a lo mucho llegar a consumir solo un nucleo de procesador en horas picos y entre 12 a 16 GB de RAM, vale la pena aclarar que tenemos unos 1600 usuarios (edad escolar), algo mas de 500 cursos activos.
No si esta situación que nos sucedió es normal, pero nos pasó tanto en la versión 3.6 como 3.7, por suerte logramos detectarlo y espero que sirva de experiencia para otras personas, tampoco se si se trata de algún BUG, de todas maneras espero que mi experiencia sirva a otras personas que por ahí pasan por lo mismo.
Saludos