Qualsiasi attività/prove che tu abbia fatto su moodle non produce normalmente inconsistenze nella base dati. Diverso discorso se hai messo mano direttamente alla base dati, ovviamente.
Che mi risulti non esiste un sistema di verifica della coerenza delle relazioni nel database perchè non ci dovrebbe essere alcuna necessità di un "cleanup". La correttezza delle transazioni su database è compito dello sviluppatore e viene attuata consistentemente ad ogni operazione.
Qualche esempio di questi errori (ovviamente omettendo informazioni sensibili) sarebbe utile per capire.