Hallo Michael,
wenn nach dem Löschen des Caches einige Dateien nicht mehr angezeigt werden, dann haben die vermutlich vorher schon gefehlt und wurden nur noch wegen des Caches angezeigt. Das heißt, das Cache löschen ist nicht die Ursache für das Problem sondern es zeigt dir, dass da schon vorher etwas nicht gestimmt hat.
Allerdings wäre es vielleicht noch gut zu wissen, wie du den Cache gelöscht hast.
Viele Grüße
Andreas