Здравствуйте.
Похоже, это в Муддл один из самых популярных вопросов
У меня аналогичная проблема: учителю не приходит уведомление об ответе некоторых учеников, от других приходит.
Уведомления (и в курсе, и в личном кабинете учителя) включены.
Что пробовал:
1. включал учителя и учеников в одну группу (при этом в курсе Группы = Нет групп);
2. предполагал, что проблема возникает для тех студентов, кто одновременно имеет в курсе 2 роли: "студент" и "управляющий", но не приходит и от нескольких, имеющих роль только "студент" ;
3. пробовал, зайдя от имени студента, отправлять ответ разными способами (сразу или после редактирования ответа);