Me respondo a mí mismo por si a alguien le sucede:
Aunque se borre desde moodle estos datos permanecen en la base de datos como "delete", pero aparecen. Por lo tanto, en mi caso, la clave ha sido directamente eliminar de la base de datos esas entradas.
Aunque se borre desde moodle estos datos permanecen en la base de datos como "delete", pero aparecen. Por lo tanto, en mi caso, la clave ha sido directamente eliminar de la base de datos esas entradas.