以下、Moodle in Englishのフォーラム投稿、Moodle Tracker (バグ報告) を探してみましたが、現在のところ、「imsmanifest.xmlで3階層で設定したコース」のレッスンステータスが変化しない問題に関する報告は見当たらないようです。
[Moodle in English: Hierarchical SCORM]
https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=28002
[Search:"SCORM hierarchy" Issue Navigator - Moodle Tracker]
https://tracker.moodle.org/browse/MDL-33053?jql=text%20~%20%22SCORM%20hierarchy%22
[Search:"SCORM hierarchical" Issue Navigator - Moodle Tracker]
https://tracker.moodle.org/browse/MDL-12447?jql=text%20~%20%22SCORM%20hierarchical%22
恐らく、Moodleのバグだと思います。
以下をご提供頂けましたら、さらに調査しやすくなるかと思います。
- MoodleのSCORMモジュールで正常に動作しない「imsmanifest.xmlで3階層で設定したコース」のサンプル
- Moodleのバージョン情報 (例 Moodle 3.5.9+)