Hola de nuevo, Jesús.
No termino de comprender bien tu pregunta. ¿A qué te refieres con lo de ... "el último activo" (curso)?
Si estás en un curso cualquiera y usas el menú "Administración del curso" para hacer una copia de seguridad, pues efectivamente solo tendrás la copia de seguridad de UN curso ... ese mismo en que estabas.
Si por el contrario, has hecho lo que yo mismo te sugería el día 26 de marzo, y has activado las copias de seguridad programadas en un directorio específico del servidor, puedes tener ahí los archivos de copia de seguridad de TODOS los cursos de tu plataforma.
Para conseguir esto último, debes tener en cuenta las opciones que te ofrece la página de configuración de copias de seguridad programadas, donde eliges si hacer copia de cursos ocultos o no, cuántas copias debe guardar de cada curso, etc.
Saludos.