Bonsoir,
Je viens d'être confronté au même problème en mettant à jour vers Moodle 3.5.5+
Dans mon cas c'était une valeur de configuration 'dbcollation' erronée qui restait dans config.php:
$CFG->dboptions = array ( 'dbcollation' => 'utf8_unicode_ci', ... );
Elle était déjà présente avant la mise à jour, et la base était déjà convertie en utf8mb4, mais étonnamment le problème ne s'était pas manifesté avant cette mise à jour. Je l'ai changée en utf8mb4_unicode_ci et le problème est résolu.
Si ce n'est pas ça, jetez un œil sur lib/dml/mysqli_native_moodle_database.php; en particulier les méthodes get_dbcollation et connect (c'est cette dernière qui m'a mis sur la voie). L'erreur ne se situe sans doute pas dans la base de données, mais dans la requête SQL générée par moodle.