Se por acaso vc alterou as traduções no Moodle, elas são guardadas num outro ficheiro e se sobreporão sempre às traduções oficiais.
As traduções personalizadas no moodle são guardadas numa pasta moodledata/lang/pt_local/. Pode remover os ficheiros nesta pasta para remover os ficheiros personalizados.
Pode também apagar todo o pacote linguístico e instalar de novo, para ver se há alguma problema de permissões na atualização do pacote linguístico.