Hola Francisco,
"También he visto que Moodle no funciona muy bien con el tema de subir archivos de vídeo"
Esto no es problema de Moodle. En Moodle se pueden subir toda clase de archivos.
El problema es que, como se utiliza normalmente la subida de archivos vía web, no siempre está el servidor PHP preparado para la subida de archivos de gran tamaño. Hace falta configurar el archivo php.ini del servidor.
También se puede habilitar en Moodle el repositorio de 'sistema de archivos' de manera de poder subir archivos pesados mediante FTP.
Por otro lado, en un VPS no tendrás demasiado espacio como para subir muchas películas y quizá el ancho de banda no sea suficiente para que varias personas a la vez estén descargando o visualizando dichos archivos.
Moodle te permite crear recursos "Página" o "URL" en los que puedes redirigir a los participantes a otro servidor (vimeo, youtube, servidor de archivos, etc.) y presentarlos incrustados, por ejemplo o en una ventana emergente, etc.
Saludos
JP