سلام
متاسفانه الان امکان توضیح مفصل رو ندارم ولی سعی میکنم به‌طور خلاصه جواب بدم.
مودل در خیلی از جاها به جای اینکه یک سری از محاسبات رو هر بار انجام بده، یک بار محاسبه رو انجام می‌ده و نتیجه رو در جایی ذخیره می‌کنه. دفعات بعدی به جای محاسبهٔ مجدد، از مقداری که قبلا ذخیره کرده استفاده می‌کنه. به این کار اصطلاحا کش (cache) کردن می‌گن. یک نکتهٔ مهم این هست که این کش‌ها دائمی نیستند. یعنی هر از گاهی (زمانش توسط خود مودل تعیین می‌شه) بخش‌هایی از مقادیر ذخیره‌شده در کش نامعتبر می‌شن و مودل دوباره محاسبه رو انجام می‌ده و کش رو آپدیت می‌کنه.
یکی از جاهایی که مودل از کش کردن استفاده می‌کنه، در مورد پوسته‌ها هست. قوانین css پوسته‌ها در فایل های مختلفی ذخیره شده اند و همچنین بعضی از پلاگین‌ها هم css های اختصاصی خودشون رو دارند که اونها هم باید load بشن. مودل به جای اینکه ۱۰ تا فایل css رو load کنه، همهٔ فایل‌ها رو یک بار load می‌کنه و از روی اونها یک فایل مفصل (شامل تمام دستورات) می‌سازه و این فایل رو در جایی ذخیره می‌کنه. دفعات بعدی از این فایل استفاده می‌کنه.
اما... شما به هیچ عنوان نباید در فایل‌های ذخیره شده تغییراتتون رو اعمال کنید! چون همونطور که گفتید این تغییرات بعد از مدتی (با آپدیت شدن کش) از بین می‌رن!
راه حل اینه که تغییرات در در جای اصلی انجام بدید و بعد از طریق محیط خود مودل، دستور «پاک‌سازی کش» رو اجرا کنید (مدیریت سایت > توسعه > پاک‌سازی تمام cache ها) تا مودل کش خودش رو با توجه به مقادیر جدید آپدیت کنه.
اگر مدام در حال تغییر فایل‌ها هستید و نمی‌خواهید هر بار برای دیدن نتیجه، به‌طور دستی کش‌ها رو پاک‌سازی کنید، می‌تونید به «مدیریت سایت > نما > تنظیمات پوسته» برید و گزینهٔ «حالت طراحی پوسته» رو انتخاب کنید و سپس روی دکمهٔ ذخیرهٔ تغییرات کلیک کنید. توجه داشته باشید که با این کار، مودل فایل‌های مربوط به پوسته رو کش نمی‌کنه و هر بار تمام محاسبات مربوط به پوسته‌ها رو انجام می‌ده. این کار باعث می‌شه برای دیدن تغییرات نیازی به پاک‌سازی کش نداشته باشید، ولی مودل شما به طور بسیار بسیار بسیار محسوسی کند خواهد شد! بنابراین بعد از اینکه کارتون تمام شد، حتما این گزینه رو دوباره غیرفعال کنید.