Подрубаетесь через putty к вашей машине.
На Ubuntu ставите midnight commander.
sudo apt-get install mc
заходите в /etc/apache2/sites-available/
копируете средствами mc 000-default.conf обзывая его доменным именем своего сайта mysite.ru.conf
внутри будет примерно следующее:
<VirtualHost *:80>
ServerName 000-default
DocumentRoot /var/www/moodle
<Directory /var/www/moodle>
Options Indexes FollowSymlinks
AllowOverride All
Require all granted
</Directory>
</VirtualHost>
ServerName 000-default меняете на ServerName mysite.ru (параметр может и отсутствовать, его нужно дописать)
DocumentRoot пишите полный путь до вашего сайта
подрубаем mysite.ru.conf
sudo a2ensite mysite.ru.conf
можно отключить 000-default.conf, но в принципе не критично
sudo a2dissite 000-default.conf
перезапускаете апач
в конфиге moodle должен быть прописан mysite.ru