Да, или реализуете интерфейс LTI на стороне своей CRM, и подключаете его из moodle, либо, наоборот, пишите плагин для moodle, который будет подключаться к БД CRM, брать данные и ставить оценку.
На чём вам больше нравится писать, на .net, или на php? В зависимости от этого и дальнейшие советы