Hola de nuevo.
Por lo que veo has creado una sola tabla tanto para la autenticación como las matriculaciones. En nuestro caso usamos dos tablas diferentes. Bueno, no son "tablas" realmente, sino que se trata de "vistas" generadas a partir de tablas SQL-Server que son las que usa nuestra aplicación de gestión académica, externa a Moodle.
En la primera de ellas (para autenticación) si están todos los datos del usuario, como nombre, apellidos, email, username, etc. Como es lógico, solo hay un registro para cada persona.
En la segunda tabla (para matriculación) solamente tenemos el username, código de curso y rol que le corresponde. No obstante, es como tú dices, si una misma persona está inscrita en varios cursos, habrá varios registros en esta segunda tabla, con la ventaja de que puede tener diferentes roles asignados en cada uno de ellos.
Saludos.