Piazzale Italia

Da noi la procedura è diversa.

1. al termine del corso viene rilasciato un certificato pdf di completamento (custom certificate). Tra gli altri dati, viene utilizzato il campo "code" (un codice alfanumerico a chiave unica) che contraddistingue inequivocabilmente la persona ed il corso che ha frequentato.
2. tramite le attività di condizionali e di completamento al termine del corso all'utente è permesso (è richiesto) di effettuare il download del proprio certificato in pdf.
3. l'utente quindi invia copia del pdf tramite mail alla propria azienda (l'onere di archiviazione passa all'impresa non a noi).
   
4. tramite la funzione presente nel blocco amministrazione del plugin custom certificate, denominata"verifica certificato (verify certificate)" rendiamo disponibile all'impresa un link (bisognerà agire sui ruoli/permessi e/o si dovrà creare un account specifico all'azienda), attraverso il quale l'azienda, digitando il codice alfanumerico e cliccando su "verifica",  riceve un immediato riscontro.
   

Non sono uno sviluppatore,  per cui non posso darti conferme riguardo la persistenza nel tempo (anni) dei dati contenuti nella tabella "certificati" (almeno l'ID utente, nome, cognome, mail, corso, voto, data rilascio e codice verifica). Ad intuito .. ed almeno in teoria, questa funzione dovrebbe comunque essere assicurata.  In questo senso .. mi rimetto al parere dei più titolati.

Inoltre, fino a quando il "vecchio" corso è presente sulla piattaforma (magari in modalità non visibile) e gli utenti non sono stati disiscritti (dal corso e/o dalla piattaforma) .. si può comunque accedere al medesimo, e scaricare/visualizzare il certificato conseguito (utilizzo a mo di archivio).
Stante la mia attuale esperienza di Moodle .. non so ancora dirti .. se quest'ultimo metodo rappresenti una "best practice". 
In teoria a corso chiuso si dovrebbe effettuare un backup (da amministratore, incluedendo anche i dati utenti) e portare il pacchetto in luogo sicuro .. magari su un'altra piattaforma speculare che asserva al solo compito di archivio.
Spero di esserti stato d'aiuto.

Di base dipende da quale plugin stai utilizzando per la creazione degli attestati: se il plugin salva gli attestati dentro moodle (cioè non li ricrea "al volo" ogni volta) e non ha una funzione apposita di download-all allora li puoi andare a prelevare con moosh (https://moosh-online.com/) utilizzando il comando file-list, selezionando i file che ti interessano.

Ad es. con mod_certificate (vecchio, si lo so...) il comando sarebbe qualcosa come

moosh file-list "component='mod_certificate' AND course=X"  con X=id del corso.

per ottenere la lista dei certificati emessi in quel corso e poi con qualcosa di più complesso

moosh file-list -i "component='mod_certificate' AND course=X | moosh file-path -s -r | tar -C $(moosh config-get core dataroot) -T - -cjf files.tar.bz2  (adattato da https://moosh-online.com/commands/)

ottieni direttamente un archivio che contiene i certificati emessi.

Per usare moosh è però necessario avere accesso terminale sul server che ospita moodle, e la mia esperienza diretta è l'uso su sistema operativo linux.

Spero ti possa essere di aiuto.