Sulla base delle informazioni che hai fornito credo sia difficile immaginare una causa. Prova a descrivere meglio il contesto e le impostazioni, cosa pensavi di ottenere e cosa hai ottenuto.
Come suggerimenti generali, qualora il tuo cron non fosse configurato ma venga lanciato "on demand", allora per prima cosa configuralo per girare in modo automatico e continuativo. La corretta configurazione ed esecuzione del cron è un elemento non derogabile per ottenere il buon funzionamento di Moodle.
Da tenere presente inoltre che il completamento può essere impostato sia livello di corso sia a livello di attività ma l'impostazione di un livello di completamento non implica necessariamente l'altro. Per vedere lo stato di completamento, aiutati con i report di completamento delle attività e completamento del corso, individuando i criteri non soddisfatti e approfondendo le ragioni dell'eventuale non soddisfacimento. Tali dati di completamento possono non essere corretti se il cron non è configurato come descritto sopra.