Hola, Antonio.
Efectivamente, puede haber problemas porque lo que se desarrolle para una versión superior (sea un curso, un cuestionario, etc.) no está asegurado que sea compatible con versiones anteriores. En algunos casos puede que se exporte parcialmente, pero en otros casos será completamente imposible.
Es lógico que sea así, ya que hay funcionalidades incorporadas en las nuevas versiones, que no estaban previstas en versiones anteriores. Sin ir más lejos, en los cuestionarios de Moodle 3.4 hay varios tipos de preguntas disponibles que en versión 2.9 ni siquiera existían.
La recomendación para no tener problemas es usar la misma versión de Moodle (sea 2.9 o 3.4, pero la misma).
Saludos.