Aggiungo a ciò che correttamente ha indicato Scaramuccia, che il codice che deriva dall'uso corretto delle API è normalmente più corretto, semplice, manutenubile e comprensibile, rispetto a codice scritto senza le API di moodle.
Il mancato uso delle API nella parte di interazione DB comporta (direi necessariamente) l'uso di più connessioni parallele al DB, l'impossibilità di tracciarne l'utilizzo, la incompatibilità con diversi tipi di DB (oracle/mysql/pgsql) solo per fare un esempio.
Anche per la parte di rendering html/css, vista la complessità intrinseca di uno strumento modulare come Moodle, risulta indispensabile l'uso delle API, o si corre il rischio di avere problemi di caricamento javascript o, peggio, l'insorgere di conflitti tra librerie js che possono rendere inusabile il tutto.
Quindi, a prescindere che ci sia un controllo da parte degli HQ di Moodle, l'uso delle API è a mio parere utile.