Verónica,
De nada, y estoy de acuerdo de LTS. En cuanto a mí, prefiero que mis sitios quedan de LTS si sea posible. Tengo unos sitios 3.1 todavía al esperar 3.5.
PHP 5.6.5 no es un error, porque según el método de numeración de PHP, versión 33 > 5, es decir punto 33 es más que punto 05. Así la última version ahora es 5.6.33 y la de 5.6.5 es menor.
Si está usando PHP 5.4 todavía para su sitio de 3.1, entonces tiene que actualizar PHP a 5.6 antes de volver a actualizar Moodle. El salto de 5.4 a 5.6 no es tan difícil que el de 5.6 a 7, ya que PHP 7 puede romper unos plugins.
Creo que este cambio de las versiones de PHP era demasiado de prisa. Espero que 3.5 LTS no llevará ningunos más cambios de los requisitos de servidores. Necesito descansar un rato
Saludos,
Randy