Au contraire, à mon sens, les éléments définis dans le fichier config.php sont conservés lors des mises à jour (ou des migrations) : en effet, le fichier est à garder lors de ces opérations !
Pour ma part, j'ai plusieurs paramètres (dont ces positionnements de blocs) depuis des années dans mon fichier de configuration, conservé au fil des versions et migrations.
Je le modifie juste des quelques paramètres nécessaires, quand c'est nécessaire (passage à utf8mb4, à https...).
Séverin