E:\Server\Apache - это что, локальная установка Мудл?
Если нет, то зачем на Винде Апач? Нужно использовать IIS, чтобы настроить права доступа к каталогу сайта для одного пользователя IUSR, остальным вообще запретить.
Папку cache в moodledata нужно вообще удалить, после перезагрузки страницы она опять появится. Папку со скриптами сайта прошерстить на предмет файлов РНР со странными названиями и все поудалять.
А Винду почистить от руткитов и адварей, потому как даю гарантию, что проблема возникнет снова. Эта зараза поселилась не просто в файлах сайта, а где-то в ОСи.
AVZ попробуйте, лечение: https://virusinfo.info/content.php?r=290-virus-detector