Z toho co vidim usudzujem, ze sa na serveri pouziva ispconfig (alebo velmi podobny controlpanel). Ak je to ispconfig, tak ten v standardnej konfiguracii kontroluje vlastnika a skupinu spustaneho skritpu a ked nieco z toho nesedi, webovy server ohlasi chybu 500 a zaroven zakaze pristup k danemu suboru (preto tam je ten not found).
Odporucam si prekontrolovat nielen opravnenia suborov ale aj ich vlastnika a skupinu. Neviem, co pouzivate na upgrade moodle, ale lahko sa moze stat, ze pri kopirovani suborov si zmenite niektory z uz spominanych udajov.
Najjednoduchsie by asi bolo vykonat prikaz
chown -R web289:client243 /var/www/clients/client243/web289/web/
peter