Ciao Cosimo,
affinché lo zip che hai messo su FTP - metti lo zip e non lo scompatti in FTP linkando il solo imsmanifest.xml, corretto? - forse hai dimenticato di modificare la funzionalità di aggiornamento.
Leggi https://danmarsden.com/blog/2013/09/24/managing-scorm-content-in-moodle-2-6/ : parlo del punto (7).
HTH,
Matteo