Hola, Mauricio.
La configuración por defecto de Moodle impide que se creen usuarios con correo repetido para evitar problemas posteriores. Por ejemplo, con el sistema automático de recuperación de usuario/contraseña.
No obstante, aunque no es recomendable pero se puede deshabilitar ese sistema de seguridad, en la siguiente página:
"Administración del sitio > Extensiones > Identificación > Gestionar identificación"
Y ahí marcar el apartado que dice "Permitir cuentas con la misma dirección de correo".
Después de eso, al volver a intentar subir usuarios, verás que puedes seleccionar este apartado:
Y de esta forma te creará los nuevos usuarios aunque las direcciones de correo electrónico estén duplicadas.
Saludos.