Es tut mir Leid, aber ich habe mich persönlich vor fast 10 Jahren aus der Windows-Welt zurückgezogen und kann daher insbesondere auch zum Windows-Server nichts beitragen.
Da der Windows-Server nach wie vor ein Nischendasein pflegt, sollten sie versuchen einen Experten dafür zu kontaktieren.
moodle auf Windows-Server galt lange Zeit als "looking for trouble" - mittlerweile ist der Ruf des Windows-Servers nach dem was man so hört, nicht mehr ganz so verheerend. Es kann aber halt nach wie vor schwieriger sein, auftretende Probleme zu lösen, weil das System einfach weniger weit verbreitet ist und der Erfahrungspool damit kleiner ist.
Dass andere Websites auf dem Server laufen, sagt leider nichts aus. moodle ist speziell und wird in den Standardkonfigurationen leider nicht immer optimal unterstützt.