Hola, Tony.
Moodle ya tiene prevista esa funcionalidad, tanto para sincronizar la "autenticación" de usuarios, como para la matriculación en cursos (que creo que es lo que te interesa). Puedes empezar a conocerlo aquí:
- Autenticación (Identificación de usuarios): https://docs.moodle.org/32/en/External_database_authentication#Automatic_Synchronisation
- Matriculación (inscripción a cursos): https://docs.moodle.org/32/en/External_database_enrolment#Synchronization_script
Saludos.