Чтобы не было дублирования, делайте единый курс по каждой дисциплине, а особенности его преподавания для разных специальностей и форм обучения можно реализовать с помощью групп: одна группа видит одно задание, другая - другое. Это довольно гибкий механизм, поскольку каждый пользователь может входить в состав любого числа групп. Преподаватель тоже может быть записан в группу так, чтобы оценки мог ставить только ей. Но если таких отличий много, то легче сделать несколько курсов, чем один объединенный.
Чтобы студент не искал курсы, сделайте ему список со ссылками. А если он уже на них записан, то путь пользуется опцией Мои курсы.
Переосмыслите и создайте другие категории курсов и переместите имеющиеся курсы в них.