Здравствуйте!
Не совсем понятно, какие пароли не срабатывают? Пароль учащийся вводит при авторизации в Moodle, после этого они могут заходить в любой курс, на который они зачислены.
Курс может "требовать пароль", когда на него заходят в гостевом режиме или когда пытаются записаться на него - в том случае, если установлен соответствующий пароль.
У нас была подобная ситуация - курс, у которого установлен свободный гостевой доступ, стал требовать пароль (Moodle 2.6, 2.9). Оказалось, что при открытии страницы настройки курса браузер (точно знаю про Chrome) подставлял в поле гостевого пароля пароль преподавателя. Обнаружилось это не сразу, поскольку гостевой пароль скрыт в дополнительных настройках. По подобной же причине входа по паролю требовали тесты (преподаватель зашёл отредактировать настройки теста - браузер подставил его пароль).
Летом мы перешли на версию 3.1 и эта проблема пропала. Гостевой пароль устанавливается теперь в настройках гостевого доступа, да и пароль совсем перестал "автоподставляться". Не знаю, исправили баг в Moodle или в Chrome.