me autorespondo por si le puede servir a alguien.
Después de mucho investigar, me di cuenta de que no era que los eliminase, sino que no los llegaba a enviar. El problema es por los grupos.
Si el curso estaba configurado como grupos separados, aunque el profesor estubiera en ambos grupos solo me dejaba enviar a uno, entonces, primera solución: grupos visibles.
Seguí navegando por moodle.org y me encontré con esta solución: https://tracker.moodle.org/browse/CONTRIB-5327?jql=project%20%3D%20CONTRIB%20AND%20component%20%3D%20%22Block%3A%20Jmail%22%20AND%20text%20~%20%22group%22
Modificar un código en un archivo y así poder seguir teniendo la configuración de grupos separados en el curso.
Gracias!