Hola
Pues me temo que es así... En el cuestionario no se pueden hacer esos ajustes (hasta hace poco no se podía, ni siquiera modificando las preguntas), por lo que la única forma es editar el banco de preguntas y poner el porcentaje que deba descontar cada error. En todo caso, exportando las preguntas, editándolas para incluir las penalizaciones y volviéndolas a subir no llevaría demasiado trabajo.
Es un poco antiguo, lo mismo que el vídeo, pero sirven de ejemplo:
http://moodle.mejorqueperdereltiempo.es/cuestionarios_con_penalizacin.html
Si no quieres o puedes editarlos, la única opción sería que no muestre la calificación y ponerla de forma manual, pero es quizá más trabajo que rehacer el banco de preguntas.
Un saludo