Hola,
Nunca he trabajado con la rama 1, pero sí he leído que hasta la versión 1.9 en la carpeta 'moodledata' se almacenaban los archivos de los cursos tal cual y era muy fácil cargar o descargar un archivo.
Esto con la rama 2 se sustituyó por un sistema de encriptación que tiene su explicación en aras de mejorar el consumo de recursos del sistema cuando es grande. No obstante, efectivamente hace más tediosa o imposible esta labor.
Según entendí de aquellas explicaciones, es muy difícil determinar qué referencias corresponden a qué archivos. Y si se llegara a determinar, es complicado recuperar el archivo original.
Por tanto, más fácil sería descargarlos manualmente desde el propio curso
Aquí hay una explicación de cómo poder localizarlos, pero yo no la he probado: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=192752#p839405
JP