Hola Juan Pablo.
Ante todo muchas gracias.
El problema lo tengo en un hosting, que usa linux php 5.5 y mysql 5.1. Hasta ahora todo había funcionado sin problemas pero si haber tocado nada, cada vez que se intenta descargar un archivo te sale el mensaje, tengas lo permisos que tengas.
He probado a mover el moodledata por dentro de public_html del servidor y nada.
El modo debug no me informa tampoco de nada. Y el log del moodle parece ser que lo envía al apache del servidor que tampoco lo encuentro en el hosting, ¿alguien sabe como poner un log propio de moodle?
Creo que es algún problema relacionado con los permisos o con el archivo php que se encarga de buscar los nombre de archivos en la bbdd y transformarlos a ficheros de descarga. Los ficheros están me lod puedo descargar con el ftp y lo nombre raros que tiene en la carpeta de moodledata.
Si a alguien se le ocurre que puede pasar se agradece mucho la ayuda.
Un saludo a todos.