Hola Juan,
Creo que no puedo ayudarte.
Esto, pues yo mismo tengo problemas similares con Unoconv.
Yo pienso que es parte de que uno no puede conocer todos los softwares, ni las configuraciones específicas.
Si de algo sirve, parece que no somos los únicos.
En esta discusión de los foros en inglés, se menciona incluso que en el sitio de pruebas de calidad de Moodle.org, se presenta o presentaba esta falla.
A lo largo de la misma se dan diversas sugerencias, incluyendo la cuestión de cambiar la extensión "docx" por "doc", así como la de verificar que el usuario del servidor Web (Ej. Apache), pueda ejecutar el software en cuestión.
La publicación de esta última referencia se encuentra aquí.
A ver si de algo te sirve esta información.