Cuando accedes a moodle con el usuario administrador, moodle carga toda las opciones de configuración de "Administración del sitio" asi que posiblemente pueda ser ese el problema.
Activa el debugger para ver si hay algun error en la carga de la página como administrador y a partir de ahi podras ver que sucede y donde.
Si no aparecen errores entonces la maquina no es suficiente para moodle o hay demasiados plugins instalados.