La verdad es que es extraño que Moodle no permita búsqueda por nombre de usuario en la matriculación manual, es una realidad que muchas de las organizaciones que usan Moodle tienen como política que los nombres de usuario correspondan al número de carné del estudiante o su número de identificación.
Esto haría mas simple la matriculación manual y evitaría errores.
Igual pasa en el libro de calificaciones donde poder escoger la columna para identificar al usuario será una buena adición.