Tout d'abord, ton rôle dans ce cours n'a aucune incidence dans les autres cours. Tu conserves donc le rôle que tu avais dans chaque cours même si tu t'inscris comme étudiant à ce cours. Le fait de s'inscrire comme étudiant à ce cours te donne les droits d'un étudiant mais ces droits s'ajoutent à ceux que tu as déjà pour ce cours. Un même utilisateur peut être simultanément inscrit comme Etudiant, Enseignant, Gestionnaire, Créateur de cours, ....
J'ai encore du mal à comprendre un point. Tu dis que tu as indiqué "non" à inscription manuelle. Qu'entends-tu par là? Est-ce que tu as masqué ce type d'inscription (en cliquant sur le logo en forme d'oeil) ou bien as-tu supprimé carrément ce type d'inscription (en cliquant sur la croix)?
Ensuite, si tu arrives encore à accéder aux méthodes d'inscription c'est que tu dois encore avoir un rôle (enseignant, créateur de cours ou gestionnaire) dans ce cours, sinon je pense que tu ne pourrais pas accéder à cette page. Et lorsque tu accèdes aux méthodes d'inscription, ne vois-tu pas apparaître en bas de la page "Ajouter méthode" avec une liste déroulante? Ce qui devrait te permettre d'ajouter la méthode "Inscription manuelle" (mais ce droit est peut-être réservé aux créateurs de cours ou aux gestionnaires, je ne suis plus sûr).
Enfin, ne peux-tu pas avoir accès à la liste des utilisateurs inscrits à ce cours dans Administration du cours > Utilisateurs > Utilisateurs inscrits ou bien en ajoutant derrière l'adresse de ton site /enrol/users.php?id= suivi du numéro de ton cours? Ça permettrait de vérifier si tu es inscrit à ce cours et quel(s) rôle(s) tu as.