Hola Eladio,
Una cosa es la configuración de la cantidad de datos permitida para subir a un sitio web y otra el tiempo de ejecución y la memoria RAM necesaria para ejecutar una tarea determinada.
En tu caso, creo que has aumentado la capacidad para subir archivos más grandes pero no hay memoria ram suficiente adjudicada a PHP o el tiempo es muy escaso para ejecutar la restauración del curso que estando comprimido en mbz debe regenerar todos los documentos y configuraciones en la nueva ubicación.
Si Moodle lo tienes instalado en un hosting, revisa la documentación para la configuración de tu servicio y cómo puedes aumentar esos parámetros en la configuración de PHP.
Hay ocasiones en que los servicios de hosting, sobretodo si son económicos, no permiten mayores ajustes debido a que los recursos los tienen que compartir entre muchos clientes, y si cada cual requiere más y más recursos..., imagínate.
Hay otros que tienen estos ajustes suficientes para correr moodle sin tener que configurar manualmente.
Pregunta a tu proveedor.
Si la instalación la tienes hecha en un servidor dedicado, aunque sea virtual, será más fácil que puedas modificar esos parámetros .
Aquí te dejo un enlace a una página que trata del tema para wordpress. Pude servirte de orientación. La memoria para Moodle debe ser de al menos 128MB aunque he visto instalaciones con 256MB y un tiempo de ejecución de 300 a 600 segundos.
http://www.garri2.com/blog/aumentar-la-memoria-limite-de-php-en-wordpress-40mb-a-64mb-o-mas/
Este es más específico:
http://tecnologia-internet-y-formacion.blogspot.com.es/2012/10/ajustes-de-php-en-moodle-2x.html
JP