Nosotros utilizamos este plugin de Moodle para fusionar usuarios:
https://moodle.org/plugins/tool_mergeusers
Aunque en la página de plugins solo es compatible hasta la versión 2.8, puedes descargarlo de GitHub con compatibilidad hasta Moodle 3.0
https://github.com/ndunand/moodle-tool_mergeusers
Es un plugin muy útil, fusiona todos los registros de 2 o más usuarios en uno único y por defecto desabilita la cuenta o cuentas que se le indique.