Ciao Andrea,
sicuramente l'opzione binary di FTP è conservativa e dovrebbe essere il modo più sicuro e certo con cui trasferire i file via FTP tra diversi sistemi.
Detto questo, è meglio prima verificare quale sia la ragione del malfunzionamento. Su Firefox è indifferente partire da CTRL+SHIFT+Q o installare Firebug e premere <F12>: l'obiettivo è verificare alla HTTP GET del file cosa venga ritornato, in termini di Headers e di Body della Response per valutare se arrivi un file di 0 byte o di dimensioni minori rispetto al previsto (che è registrato su DB, nella tabella mdl_files).
Se il debug è attivo potresti controllare anche i log del web server e di PHP perché non siano registrate anomalie.
Io scommetterei sulla corruzione dei file durante il trasferimento FTP ma le prove di cui sopra ti aiuteranno a valutare se sia proprio così.
HTH,
Matteo