Александр, не заставляйте устанавливать 2.9.4+ и проверять
Предположения:
- В настройках задания установлен тип отзыва только "Отзыв в виде комментария". Другие варианты не отмечены галкой, поэтому комментарий не может быть пустым.
- В базе данных в таблице mdl_assignfeedback_comments поле commenttext - параметр Not null отмечен галкой (не может быть пустым). Это могло остаться после обновления со старых версий или в случае какого-то "косяка" при новой установке.
Нет, у меня всегда есть и оценка, и комментарий. Я ставлю (или не ставлю) оценку, а в комментарии пишу замечания. Когда студент исправляет работу, меняю оценку, а комментарий с замечанием удаляю. Так было всегда, а вот в 2.9.4+ (причем даже свежеустановленной!) комментарий нельзя удалить совсем, можно только заменить другим, непустым.
Посмотрел структуру этой таблицы - там все нормально, как и в 2.8 - в этом поле значение по умолчанию Null. Наверное, где-то в РНР ошибка.
У меня версия 2.9.4 (Build: 20160111) открыл задание - просмотр оценок, добавил комментарий сохранил, открыл еще раз нажал крестик около комментария. Комментарий удален. Всё работает. Или я не так воспроизвел ситуацию? Александр напишите подробней попробую воспроизвести.
Не знаю, у меня есть крестик для удаления в режиме быстрой оценки (см. скрин) и второй в обычном режиме

Есть уже эта тема в трекере: https://tracker.moodle.org/browse/MDL-51691. Только там пишут, что в режиме обычного (не быстрого) оценивания коментарии можно удалять по одному. А у меня они никак не удаляются.