Hola.
Lo que te voy a decir es en la versión 2.8.6 pero no creo que haya variado en la versión 2.9.2
Para que no te aparezca el enlacea cursos has de desmarcar la opción Mostrar todos los cursos en Administración del sitio > Apariencia > Navegación
Para que no aparezcan las Páginas del sitio has de activar la edición, ir a la configuración del bloque y en Generar navegación para el siguiente elegir Categorías y cursos.
Para el enlace al Área personal has de ir a la carpeta lib > navigationlib.php y comentar el siguiente código alrededor de la linea 1092.
/*$this->rootnodes = array();
if (get_home_page() == HOMEPAGE_SITE) {
// The home element should be my moodle because the root element is the site
if (isloggedin() && !isguestuser()) { // Makes no sense if you aren't logged in
$this->rootnodes['home'] = $this->add(get_string('myhome'), new moodle_url('/my/'), self::TYPE_SETTING, null, 'home');
}
} else {
// The home element should be the site because the root node is my moodle
$this->rootnodes['home'] = $this->add(get_string('sitehome'), new moodle_url('/'), self::TYPE_SETTING, null, 'home');
if (!empty($CFG->defaulthomepage) && ($CFG->defaulthomepage == HOMEPAGE_MY)) {
// We need to stop automatic redirection
$this->rootnodes['home']->action->param('redirect', '0');
}
}*/
El enlace a la Página principal por el momento no he podido averiguar donde ocultarlo.
Espero haberte ayudado.
Un saludo.