Данный метод я уже применил...
Какой именно? Исключение неактивных или отключение синхронизации?
Хотя в любом случае пользователи должны исключаться с курса полностью, и никто, в том числе и админ, в курсе их не видит. Может, у Вас некоторые пользователи зачислены несколькими способами? Например, синхронизацией и вручную. Тогда при удалении одного способа студент всё равно остаётся зачисленным на курс.
Посмотрите в списке участников курса - у каждого пользователя перечислены способы его записи.