Hola,
Cada tanto has un back-up de la carpeta moodledata y grábala en un disco o bien algún servicio de almacenamiento tipo Mega o dropbox. A su vez, si el asunto es por curso, pues has buck-up (copia de seguridad) de cada curso y los reservas en un lugar distinto al de tu ordenador ;) Mientras no haya diferencia significativas de versiones (o que intentes restaurar una copia de seguridad de una versión a otra anterior) no tendrás inconvenientes.
Recuerda mencionar la versión de moodle con la que trabajas
Saludos