Nel thread https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=260473 vengono riportati molti suggerimenti, ad esempio di Tim Hunt, che se pertinenti al tuo caso potresti provare ad approfondire per verificare se ti aiutano a risolvere il problema. In questi casi può essere utile lavorare su una copia del tuo sistema in modo da apportare le modifiche in produzione solo dopo averle verificate.
Qualora l'elaborazione del cron script non sia configurata nel tuo sito Moodle, è bene configurarla affinché lo script cron di Moodle venga eseguito correttamente e con regolarità, come indicato nella documentazione: http://docs.moodle.org/26/en/Cron
L'errore "Failed removing..." potrebbe indicare ad esempio che l'utente con il quale gira lo script cron che hai lanciato non ha gli opportuni permessi su quella cartella. In ogni caso i file temporanei presenti nella cartella "moodledata/temp" possono essere eliminati se non ci sono processi che li stanno utilizzando e a tal proposito prima di eliminare file potresti ad esempio fermare il servizio web server.