Ciao Filippo,
si, avrai il problema dell'hash doppio, vanificando ogni sforzo di mantenere le vecchie password.
Premesso che stante anche la debolezza dell'encryption io forzerei il reset, potresti però operare l'import aggiungendo al database una tabella "esterna" a Moodle - cioè non condivide il suo prefisso, ad esempio x_docebo2moodle_auth - , quindi popolarla con un import CSV delle sole colonne username e password e quindi utilizzare l'autenticazione esterna su database, http://docs.moodle.org/26/en/External_database_authentication, per poter utilizzare ancora le vecchie password.
Io personalmente ti suggerirei di resettare le password, al più scrivendo un plugin di autenticazione custom - potresti derivare direttamente auth/db - che le legga da quella tabella e, per ogni utente che farà login con successo, ne trascriva anche la password validata direttamente nelle tabelle di Moodle; ovviamente ne deve valere la pena cioè vuoi che la migrazione sia la più indolore possibile per lo meno sulla autenticazione... anche se poi l'esperienza utente sarà completamente diversa.
HTH,
Matteo