Finalmente, tras no encontrar la forma de revertir la situación y antes de reinstalar moodle se me ocurrió mirar en las tablas de la base de datos y BINGO!
Tan solo hay que cambiar el campo pagetypepattern de la tabla block_instances a * en los registros afectados que eran navigation y settings y solucionado el tema, ahora ya se muestran los bloques administración y navegación en todos los contextos.