Hola,
no se si he entendido bien la pregunta pero si lo que quieres es cambiar las cabeceras que imprime moodle en todas las páginas, están en el fichero /lib/outputrenderer.php y la función es:
public function standard_head_html()
Lo puedes modificar ahí mismo (yo no lo recomiendo) o bien en el propio tema mediante un fichero renderers.php de manera que no toques los ficheros core.
Saludos.